SDから起動しているなら問題ないですよ。
eMMC にフラッシュするにはs2スイッチを押しながら電源を入れるなどの手順が必要なので、
何もしていないなら、eMMC は上書きされないので、SD を抜けば出荷時設定で立ち上がるはずです。
ビーグルボヨヨンさん＞
Let’s エンジョイ BBB Life ! です。
オンボードのＬＥＤは初期状態が
usr0 が heartbeat
usr1 が mmc0
usr2 が cpu0
usr3 が mmc1
です。
usr2 で止まるとなると、カーネルイメージが正しく読み込まれていない可能性がありますね。
通常は、user0 が点滅して、それぞれアクセスがあるときＬＥＤが点滅するようになります。
１、SDFormatter でフォーマットしてからやってみる。
２、イメージを入れなおしてみる。または別のディストリビューションを試してみる。
３、microSDカードを変えてみる。（相性が悪い場合があるらしいので）
でしょうか。